En el año de 1997 se adicionó el capítulo V a la LCF, creándose el sistema de aportaciones federales, a través del cual el gobierno Federal transfiere recursos condicionados a las entidades federativas, los municipios y las demarcaciones territoriales del Distrito Federal, con el fin de descentralizar actividades administrativas con su contraparte financiera, donde concurren al menos dos niveles de gobierno.
De esta manera, el Ejecutivo Federal transfirió funciones y recursos a los gobiernos locales, sujeto al logro de objetivos concretos en materia de educación, salud, infraestructura social, combate a la pobreza, seguridad pública, entre otros importantes rubros del gasto. Como la autoridad central define el destino del gasto, a través de la LCF, estas transferencias conservan su carácter federal, como consecuencia, son fiscalizados por la Auditoría Superior de la Federación a través del Programa de Fiscalización del Gasto Federalizado (PROFIS).
Originalmente estas transferencias condicionadas eran asignadas por el Gobierno Federal a los subnacionales de manera discrecional, puesto que no existía una norma jurídica que reglamentara los criterios de distribución.
A partir de 1997, con la conformación del sistema de aportaciones federales, se establecen reglas ex profeso para determinar la cantidad de recursos que obtiene cada entidad federativa en sus nuevas funciones descentralizadoras, así como el destino del gasto.
Para la conformación del Fondo de Aportaciones para la Educación Básica y Normal, el Congreso de la Unión acordó trasladar los recursos del ramo 25 al actual ramo 33 del Presupuesto de Egresos de la Federación (PEF) relacionado con las aportaciones federales. Por su parte, los recursos necesarios para las funciones que la Ley General de Educación reserva a la Federación en materia de educación básica siguen formando parte del ramo 11 del PEF donde se asigna el gasto para educación pública.
También se incluyó en los ramos 11 y 25 del PEF las previsiones para sufragar los incrementos de los salarios de los trabajadores de la educación (previsiones para servicios personales) que hasta 1997 se canalizaron por la vía del ramo 23 del PEF.
Finalmente, en lo concerniente al diseño del gasto en educación, el ramo 25 del PEF incluye los fondos necesarios para la operación de los servicios de educación básica, normal, tecnológica y de los adultos para el Distrito Federal.
En lo relacionado con el combate a la pobreza, se acordó trasladar los recursos del Ramo 26 del PEF “Fondo de Desarrollo Municipal y Programa de Prioridades Estatales” que existía en 1996 al actual ramo 33 del PEF para conformar el Fondo de Infraestructura Social.
En 1996 se instaló el Consejo Nacional de Seguridad Pública, éste último dio paso en 1999 en el Fondo de Aportaciones para la Seguridad Pública. En ese año se creó el Fondo de Aportaciones para la Educación Tecnológica y para los Adultos, como producto del proceso de descentralización de la educación técnica (CONALEP) y de los adultos que proporciona el INEA. Finalmente, en el año 2000 se incorporó en el Ramo 23 del PEF, el Programa de Apoyos para el Fortalecimiento de las Entidades Federativas (PAFEF); mismo que en el 2003 se registra en el Ramo 39 del PEF; finalmente, en el 2007 se conformó el octavo Fondo de Aportación destinado al Fortalecimiento de las Entidades Federativas.
Los fondos de aportaciones se determinan y distribuyen de acuerdo a los siguientes criterios:
Se destina a los estados del país considerando el presupuesto aprobado para el FAEBN para los ejercicios fiscales presentes y anteriores; por la matrícula pública de educación básica estatal; por el índice de calidad educativa; y por el gasto estatal en educación básica del estado determinado.
Se destina a las entidades federativas del país, a partir de los recursos orientados para promover la equidad de género; para atender el déficit estatal con gasto total inferior al mínimo aceptado; considerando el tamaño de la población abierta estatal; el presupuesto mínimo per cápita; y la razón estandarizada de mortandad, Índice estandarizado de marginación; gasto estatal para la población abierta.
Se divide en el FAIS Estatal, que se conforma del 0.303% de la RFP y por el FAIS Municipal, que se integra del 2.197% de la RFP, este último subfondo se asigna siguiendo los criterios de pobreza extrema previamente señalados, adhiriendo los siguientes elementos cuando no exista disponibilidad de información: población ocupada municipal que perciba menos de dos salarios mínimos; población municipal de 15 años o más que no sepa leer y escribir; población municipal que habita en viviendas particulares sin disponibilidad de drenaje conectado a fosa séptica o a la calle; y población municipal que habita en viviendas particulares sin disponibilidad de electricidad.