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  Warman  menciona tres etapas del indigenismo en el siglo XX, las cuales fueron  esenciales para la instauración de instituciones como lo fue el INI (Instituto  Nacional Indigenista):
  Con  este propósito de incorporar nació el indigenismo de la Revolución mexicana,  que poco a poco fundó las instituciones del Estado para cumplirlo. Las más  importantes fueron educativas: las misiones culturales, la escuela rural y el  Departamento Autónomo de Asuntos Indígenas. En esta primera etapa del  indigenismo todavía aparecía el concepto de raza en la definición de lo  indígena, pero era el concepto de cultura el que cargaba con el mayor peso  específico. A esta etapa sucedió otra a partir del Congreso Indigenista  Interamericano de Pátzcuaro en 1940 y de la fundación del Instituto Nacional  Indigenista en 1948. […] Una tercera etapa en el indigenismo reconoció la  diferencia cultural como un hecho permanente y positivo que enriquecía a la  nación y destacó la desigualdad asociada con la diferencia cultural como el reto  a superar (Warman, 2003: 34).
  Algunos  de los precursores del indigenismo debatieron sus puntos de vista en cuanto al  “indio”, y su relación con los mestizos y criollos, unos defendían más las  cuestiones indígenas, mientras que otros intentaban amasar las culturas de  México en una sola nación, como es el caso de Francisco Pimentel, quien  mencionaba que “Hay dos pueblos diferentes en el mismo terreno; pero lo que es  peor, dos pueblos hasta cierto punto enemigos” (Pimentel, 1864: 218, cit. en  Villoro, 1987: 175). Para Pimentel la respuesta para un verdadero proyecto de  nación era que los indígenas se unieran a los hombres de nación, profesando  creencias comunes, que están dominados por una misma idea y que tienden a un  mismo fin, y decía “mientras los naturales guarden el estado que hoy tienen,  México no puede aspirar al rango de nación propiamente dicha”.  (Villoro, 1987: 176). Para el “indio” de  hecho no cabe el nacionalismo, ya que él sólo defiende su lugar y a su gente,  no al que lo ha oprimido y despojado de sus tierras, así lo interpreta Bulnes  (1899) “El patriotismo latinoamericano le parece desprovisto del sentido  nacional, pues “el indio es patriota para su raza, pero no para la que lo ha  oprimido; defiende con heroicidad no el territorio nacional, sabe que no es  suyo, pero defiende lo que le han dejado en las montañas y en los territorios  lejanos” (Villoro, 1987: 176). Existen otros autores como Molina Enríquez (1909)  con una visión más objetiva del porqué del éxito del mestizo en la inserción a  la sociedad nacional diciendo que “ El indio es superior al blanco por su  adaptación y “selección” al medio; el blanco es superior, en cambio, por su más  adelantada “evolución”. El mestizo reúne en sí ambas cualidades: tiene la  resistencia y adaptación del indio, la actividad y el progreso del blanco. Por  eso su carácter no puede ser más firme ni más poderoso, lleva por una parte, a  la acción y por otra a la elevación del objeto en la acción misma” (Villoro,  1987: 180).
  Autores  como Pimentel incluso proponían una homogeneización de la cultura mexicana en  la cual se formaría una nación verdadera, así lo mencionaba:
  Debe  procurarse que los indios olviden sus costumbres y hasta su idioma mismo, si  fuere posible. Sólo de este modo perderán sus preocupaciones y formarán con los  blancos una masa homogénea, una nación verdadera (Pimentel, 1864: 226, cit. en  Villoro, 1987:183).
  Hubo  antropólogos que defendían más la postura “desde lo indígena”, como Manuel  Gamio, quien criticaba a la cultura hegemónica europea en los inicios del siglo  XX, él decía que “La cultura europea ha estado pugnando inútilmente durante  varios siglos por arraigarse íntimamente entre nosotros. Sin embargo, sólo en  reducidos grupos sociales existe con vida artificial dicha cultura. Se ha  formado así en América una forma cultural “cismática”, “patrimonio de pedantes  y de imbéciles”. (Gamio, 1916:184, cit. en Villoro, 1987:196). 
  La  verdadera nación para Agustín Yáñez era el reconocimiento de las culturas que  conforman el país, esa mezcla de lo indígena con lo español, definiendo a esta  acción como “mexicanidad”, “La Mexicanidad –identificación de lo español y lo  indígena- es, primariamente, una comunicación (Yáñez, 1929:3, cit. en Villoro,  1987:197).
  Otro  destacado indigenista fue Antonio Caso el cual hizo notar que, desde la  independencia, se remplaza el concepto de casta por el de clase social y dijo  que “El concepto “raza”, aplicado a lo indígena resulta “anticientífico y debe  ser remplazado por otras categorías sociales” y proponiendo la noción de clase  social como concepto sociológico sustituto de “raza”.
  Luis  Villoro enuncia que el indio sólo puede llegar a su propia liberación habrá que  negarlo como tal indio, y dejar las clasificaciones raciales de lado para  acceder a lo universal:
  Así,  para salvar al indio habrá que acabar   por negarlo en cuanto tal indio, por suprimir su especificad. Pues que  en la comunidad sin desigualdad de razas, no habrá ya “indios”, ni “blancos” ni  “mestizos”, sino hombres que se reconozcan recíprocamente en su libertad. Las  designaciones raciales perderán todo sentido social, porque aunque subsistan  las razas ya no serán obstáculos para las relaciones humanas. El indigenismo  debe postularse para perecer; debe ser una simple vía, un momento  indispensable, pero pasajero, en el camino. Sólo en el momento en que llegue a  negarse a sí mismo, logrará sus objetivos; porque ese acto será la señal de que  la especificidad y distinción entre los elementos raciales ha cedido su lugar a  la verdadera comunidad. Y, de parecida manera, sólo logrará el indio su  reconocimiento definitivo por todos los hombres, su reconciliación final con la  historia, en el momento en que pueda negarse a sí mismo. Entonces cesará para  siempre su lucha con la historia universal y la condena que le agobiara desde  la conquista. La hora de su libre renuncia marcará para él la del triunfo  definitivo; el instante en que acepte y logre perderse como indígena,  destruyendo su especificidad para acceder a lo universal, señalará su  liberación definitiva (Villoro, 1987:230).
  Bien  hace referencia Octavio Paz al decir que el mexicano se siente ajeno a lo que  es mestizo y si no lo es, no es parte del estado nacional, así lo mencionaba:  “El mexicano no quiere ser ni indio, ni español. Tampoco quiere descender de  ellos. Los niega. Y no se afirma en tanto que mestizo, sino como abstracción:  es un hombre. Se vuelve hijo de la nada. Él empieza en sí mismo” (Paz,  1994:96).