Los tipos de vegetación en el territorio del municipio de Naucalpan de Juárez, comprenden comunidades de especies arbóreas como el pino (Pinus sylvestris)y el encino (Quercus Shumardii), así como diversas especies arbustivas y herbáceas (incluyendo muchas gramíneas).
De manera específica en el espacio que comprende el  ANP, predomina el bosque de encino, con una distribución dispersa (individuos  aislados). Este tipo de árboles constituye la especie vegetal más  representativa en el sistema de barrancas, tanto en su estrato arbóreo, como  arbustivo. Con base en investigaciones de la vegetación de México, los encinos  se observan en los sistemas montañosos y cañadas de México, encontrándose la  mayor diversidad en un intervalo altitudinal que varía entre los 1 200 y los 2  800 msnm.
  En los ambientes de barrancas existen otras  especies vegetales arbóreas, las cuales están asociadas con programas de  reforestación e influencia de las actividades humanas (impacto ambiental), por  ejemplo, pirúl (Schinus molle),  fresno (Fraxinus udhei), tepozán (Buddleia cordata), cedro (Cupressus lindleyi) y  eucalipto (Eucalyptus globulus); todas  compartiendo las hondonadas de las barrancas y los lomeríos. En el caso del  pirúl, esta especie se le encuentra de forma silvestre en zonas perturbadas  creciendo de manera espontánea y es la que mayor presencia tiene en los  lomeríos. El tepozán (Buddleia cordata)  se observó en estrato arbustivo y arbóreo, está disperso por todo el sistema de  barrancas, solo o en asociación con otros árboles y arbustos. También fue observado  en distintas fases de crecimiento y desarrollo. Esta especie vegetal prospera  en climas templados  y climas cálidos, se  caracteriza por su rápido crecimiento y agresividad de su raíz en ambientes  impactados. Permite el desarrollo de otras especies de mayor tamaño como los  encinos y es resistente a la contaminación ambiental. 
El ciprés (Cupressus lindleyi), está presente en ambientes de la Provincia Fisiográfica del Eje Neovolcánico (Sierra Volcánica Transversal) y en un intervalo altitudinal de 1 400 a 3 300 msnm, asociado al bosque de coníferas y al bosque de encino. Esta especie vegetal se desarrolla en laderas y barrancas, así como en zonas urbanas adyacentes a estos ambientes, en donde tiene una función ornamental (parques, jardines y camellones). En el ANP fue observado en ambientes de lomeríos.
El eucalipto (Eucalyptus  globulus) es un árbol que se caracteriza por presentar hojas blancuzcas,  con el borde orientado hacia el sol. Algunas de sus estructuras (hojas y  frutos) se caracterizan por su aroma peculiar. Es un árbol perennifolio y de  rápido crecimiento. Además,  prospera en  ambientes cálidos y templados. En los bordes de las barrancas y lomeríos del  ANP, su presencia es muy notoria, toda vez que su altura es mayor en  comparación con la de otras especies. 
  El Colorín o Zompantle (Erythrina americana), es una especie mexicana, con una altura de  hasta 9 m, el tronco (tallo) es grueso, puede desarrollarse en climas  templados, siendo más próspero en climas cálidos y en zonas de transición  ecológica. Esta especie favorece la fijación de nitrógeno en el suelo, con lo  que mejora la calidad productiva del mismo. Este tipo de árbol fue observado en  los lomeríos del ANP y espacios adyacentes a las zonas urbanas, donde también  tiene usos ornamentales. En el fondo de las barrancas, esta especie vegetal es  producto de la disposición inadecuada de residuos de jardinería de las  edificaciones limítrofes.  
  El trueno (Ligustrum  japonicum), también está presente en los ambientes naturales y urbanos del  ANP. Es una especie de origen Asiático, presenta hojas perennifolias, con una  altura entre 2 y 4 m. Estas plantas son propias de climas templados y zonas de  transición ecológica. Por sus características, también tiene uso ornamental y  de reforestación en parques, jardines, banquetas y camellones. Es una especie  que se adapta fácilmente a ambientes con presencia de contaminantes  atmosféricos.
En los ambientes de las barrancas y áreas  contiguas, también se observaron especies arbóreas frutales, por ejemplo,  tejocote (Crataegus mexicana),  capulín (Prunus serotina), durazno (Prunus persica) y pera (Pyrus communis). Especies propias de  climas fríos y templados. En el fondo de las barrancas del ANP fueron  observados algunos individuos de estas especies vegetales.
  Los estratos arbustivo y herbáceo también son  importantes en el ANP. Las especies de estos estratos son las más  predominantes. Las barrancas por presentar condiciones geográficas, ambientales  y ecológicas peculiares, favorecen una amplia diversidad vegetal de arbustos y  hierbas. Aunque los tres estratos están sujetos a fuertes presiones  demográficas, sociales, económicas y culturales, aún hay plantas  representativas de cada uno de éstos. El mirto (Loeselia mexicana), es una planta representativa del Altiplano  Mexicano, pues se le encuentra entre altitudes de 1 500 a 2 800 msnm. Esta  planta al igual que otras herbáceas y arbustos prospera en ambientes con alta  incidencia de rayos solares, en campos agrícolas abandonados o en reposo, y por  supuesto en áreas impactadas por los incendios, el pastoreo sin control o la  tala de árboles (Rzedowski 1995 y 2001)
  La capitaneja (Verbesina  crocata) es una especie herbácea presente en espacios ocupados con bosques  de encino. En el área natural protegida de las barrancas está presente en  ambientes impactados, principalmente en los lomeríos, y muy cerca de las calles  y zonas habitacionales.
El huizache (Acacia farnesiana) es un arbusto que está presente en las tres barrancas del área natural protegida, su altura comprende desde 30 cm hasta 2.5 m. Se trata de una especie presente en los bosques tropicales caducifolios y bosques tropicales perennifolios, pues generalmente crece y se desarrolla en ambientes que han sido impactados por actividades antrópicas. La presencia de huizache indica el efecto de perturbaciones (impacto ambiental).
La retama (Spartium junceum) es un arbusto que se encuentra en los lomeríos del área natural protegida y por consiguiente en distintos ambientes del Altiplano Mexicano. Generalmente está presente entre 2 250 y 2 800 msnm. Por sus cualidades, es propicia para la recuperación de suelos deteriorados por las actividades humanas. Algunos individuos de esta especie están presentes en ambientes sujetos a incendios y procesos erosivos en la barranca Arroyo Santa Cruz y Barranca Arroyo Plan de la Zanja.
El arbusto conocido localmente como escoba (Sida rhombifolia), es una de las plantas más comunes en el territorio mexicano. En el ANP fue observada en los lomeríos, pues generalmente prospera en ambientes impactados por las actividades antrópicas. Predomina en suelos erosionados, y los que han estado sujetos a la influencia del pastoreo y los incendios.
En los bordes de las tres barrancas, el bosque de encino es el tipo de vegetación más notoria. La altura de los árboles es variable, pero, generalmente oscila entre 5 y 12 m. Generalmente, los árboles de encino pierden sus hojas (caducifolios), pero en las barrancas, algunos son perennifolios. Durante trabajo de campo (julio 2013), en las tres barrancas fueron observadas diferentes especies de encinos, principalmente entre 2 300 y 2 455 msnm, siendo las más importantes: Quercus rugosa, Quercus mexicana, Quercus crassipes, Quercus frutex y Quercus dysophylla (todas se encuentran en distintas fases de crecimiento y desarrollo).
Las plantas pertenecientes a las lianas y epífitas no son representativas, aunque en la Barranca El Huizachal, fueron observadas especies de bromelias y enredaderas (trepadoras), como la hiedra (Hedera helix). Otras especies que comparten el mismo espacio de los bosques de encino son el arbusto de las mariposas (Buddleia spp), Capulín (Prunus serótina), Madroño (Arbutus xalapensis), Sauce (Salix Alba) y Tejocote (Crataegus pubescens).
Otras asociaciones  de vegetación
  En  las tres barrancas objeto del ANP, es importante mencionar que  independientemente de las especies vegetales que comparten espacios con el  bosque de encino, existen otras asociaciones vegetales, las cuales son  resultado de programas de reforestación, por influencia de las actividades  antrópicas o por acción indirecta de los asentamientos humanos adyacentes,  situación que coadyuva a dos condiciones: 1ª). Incremento y conservación de la  diversidad vegetal, y 2ª) Alteración de la composición original del bosque de  encino (ecosistema). 
En los lomeríos del área natural protegida fueron  observadas otras especies denominadas arvenses, pues aparecen cada año,  principalmente durante el período de lluvias. Algunos ejemplos de estas plantas  son el nabo o mostaza (Brassica  campestris L.), hierba del pollo (Commelina coelestis Willd.), verdolaga (Portulaca oleracea L.), quelite (Chenopodium album L.). Estas  plantas también están presentes en espacios adyacentes a las calles y áreas  habitacionales. Otras plantas observadas directamente en trabajo de campo y que  están presentes en los ambientes de barrancas son:  higuerilla (Ricinus communis L.), maguey  (Agave americana L. var. marginata Trel.), yuca (Yuca  filifera  Chabaud),  lengua de vaca (Rumex crispus L.),  pericón (Tagetes lucida L.), malva  (Malva parviflora L.), salvia  (Salvia coccinea Juss. ex Murr.) y gramíneas de  diversas especies.  
  En las tres barrancas,  principalmente en la del Arroyo Santa Cruz y El Huizachal, son notorios algunos  árboles y arbustos producto de la participación de las dependencias municipales  o estatales en programas de reforestación1. Las plantas más representativas en este tipo  de asociaciones vegetales son trueno (Ligustrum japonicum),  eucalipto (Eucalyptus spp.), pino (Pinus radiata), cedro blanco (Cupressus lindleyi), fresno (Fraxinus udhei), negundo (Acer negundo), causarina (Casuarina equisetifolia). 
Matorrales
  El matorral es una  comunidad vegetal que se origina a causa del impacto ocasionado en la  vegetación original del ecosistema. En el espacio de las tres barrancas se  encuentra este tipo de vegetación, desde luego con una distribución dispersa,  aunque en algunos casos, si forma asociaciones propias de este tipo de  ecosistema. Existe matorral crasicaule (con espinas) y matorral inerme (sin  espinas). En el caso del primero, son notorios los mezquites (Prosopis laevigata), nopales (Opuntia sp.) y huizaches (Acacia schaffneri). En el matorral  inerme, las especies más comunes están representadas por Eysenhardtia polystachya, Baccharis spp.  y (Gymnospermae spp.).
Pastizales
  El pastizal en los  sistemas de barrancas está conformado por diversas especies herbáceas,  principalmente gramíneas, las cuales se originan cuando es impactada la  vegetación original de un espacio determinado, ya sea por procesos de cambio de  ocupación de uso del suelo, o por efecto de algunas actividades antrópicas como  el pastoreo, los incendios o la remoción de suelo. En los pastizales predominan  gramíneas, pero también hay otras plantas arvenses. En el espacio que ocupan  las barrancas Arroyo Plan de la Zanja y   Arroyo Santa Cruz, los pastizales son importantes, toda vez que han  ocupado áreas que anteriormente estaban desprovistas de vegetación o con  procesos erosivos.
El trabajo de campo realizado en los ambientes de las tres barrancas comprendió del 1 al 29 de julio de 2013, período caracterizado por precipitaciones abundantes, factor climático que influye en la presencia de amplia diversidad de especies herbáceas arvenses, algunas comestibles como el caso de la verdolaga, vinagrera, nabo o quelite. En la figura número tres se incluyen los nombres de algunas especies arvenses que previamente fueron identificadas en las Barrancas del Río la Pastora, Río de la Loma y Río San Joaquín ubicadas en el Municipio de Huixquilucan, México2. El listado de especies fue complementado con datos contenidos en el Programa de Manejo y Conservación de las Barrancas Río La Pastora, Río de la Loma y Río San Joaquín, y fuentes bibliográficas de estudios realizados en la Cuenca del Valle de México.