Faz-se necessário uma análise mais detalhada dos contratos  realizados entre as unidades produtoras de biodiesel detentoras do SCS e os  agricultores familiares. Fazer um contrato com esses agricultores deveria  significar cumplicidade, desenvolvimento de tecnologia, parceria e factualmente  a compra de sua produção. Entretanto, ocorre que quando uma das partes deste  contrato não cumpre as obrigações e direitos firmados no contrato há uma perca  para todos os envolvidos. 
  No entanto, quando a usina de biodiesel não cumpre a promessa de  compra da produção das oleaginosas dos agricultores familiares o prejuízo não é  só econômicos é também social. O fato dos usineiros de biodiesel, acessar os  benefícios de isenção de impostos e financiamentos com juros menores, sem ter  comprado ou cumprido o contrato com os agricultores familiares os deixam  desamparados. Isso acontece, porque a usina pode pedir falência e nunca comprar  o lote de matéria prima acordado entre as partes. Assim sendo, o número de  famílias contratadas não significa exatamente o número de agricultores  familiares inseridos na produção de biodiesel. 
  De acordo com a primeira versão da Instrução Normativa 1 (IN 1) do  MDA (2005 a), o SCS seria concedido às unidades produtoras de biodiesel que  estabelecessem um contrato de assistência, compra e venda (com índices  pré-estabelecidos) com os agricultores familiares. Nesse sentido, pela versão  original da IN1, a indústria de biodiesel teria que comprovar que, dos gastos  com matéria-prima, ao menos 50% seriam com produtos da agricultura familiar no  Nordeste e Semi-árido, 30% nas regiões Sudeste e Sul, e na Região Norte e  Centro-Oeste, 10%.
   No início de 2009, as regras do SCS foram modificadas por  meio de uma nova IN1 (MDA, 2009a). Uma primeira mudança refere-se ao percentual  de aquisição de matéria-prima produzida pela agricultura familiar no Nordeste,  que, de 50%, passa ser de 30%. Já para o Norte e Centro-Oeste, continua em 10%  até a safra de 2009/2010 e na safra de 2010/2011 subirá para 15%. Sul e Sudeste  mantêm o percentual de 30%.
  Ao promover essas mudanças nas porcentagens das aquisições da  agricultura familiar, o governo espera possibilitar mais equilíbrio entre as  regiões, facilitando o investimento das empresas produtoras de biodiesel,  principalmente as do Nordeste (MDA, 2009c). Porém, cada Região deve ser tratada  de forma específica, pois cada uma apresenta uma realidade diferente da outra.  Ao determinar a mesma porcentagem (30%) de aquisição de matéria-prima pela  agricultura familiar para as regiões Nordeste, Sul e Sudeste não equivale ao  equilíbrio e equidade entre os agricultores familiares. Tal afirmação vem dos  dados publicados no último censo agropecuário pelo MDA (2006c) e não observado  e analisado pelo governo com devida atenção, uma vez que 50% dos agricultores  familiares do Brasil encontram-se na Região Nordeste e apenas, 16 e 19%,  respectivamente, estão nas regiões Sudeste e Sul (MDA, 2006c). Outro ponto a  ser levantado é a composição e tamanho da família em cada Região, porque quanto  mais numerosa a família, mas necessita de aumentar seus rendimentos para que  possa viver com dignidade. O SCS pode proporcionar este aumento de renda,  tecnologia e melhoria na qualidade de vida. Essa obrigatoriedade de compra de  insumos da agricultura familiar deveria ser proporcional ao percentual de  agricultores familiares por Região.
  Essa alteração nas porcentagens descritas nessa Instrução  Normativa possivelmente explica a maior concentração das unidades produtoras de  biodiesel detentoras do SCS na Região Centro-Oeste. Essa afirmação tem como  base a obrigatoriedade de compra de insumos da agricultura familiar de apenas  10%, enquanto que para as regiões Sul, Sudeste e Nordeste é de 30%. 
  Outra alteração advinda dessa Instrução Normativa permite às  unidades produtoras de biodiesel incluir nos percentuais de gastos com a  agricultura familiar não apenas a aquisição de matéria-prima, mas os recursos  destinados a outros serviços previstos pelo SCS. Esses serviços incluem  sementes e adubos “doados” aos agricultores, correção de solo, hora máquina  e/ou combustível, além de salário, diárias, deslocamento, alimentação, material  didático e hospedagem dos técnicos que prestam assistência aos produtores  (agora obrigatória) entram no cálculo. 
“Nas regiões Norte, Nordeste e do  Semi-árido, todos estes gastos podem ser somados à compra da produção dos  pequenos agricultores para fechar o percentual obrigatório de participação da  agricultura familiar na cadeia produtiva da usina, para que tenha direito ao  Selo. Já no que diz respeito às regiões Centro-Oeste, Sudeste e Sul, as  “despesas adicionais” podem chegar apenas a 50% do valor gasto com  matéria-prima” (REPORTER BRASIL, 2009, p. 44).
  Essas mudanças beneficiam ainda mais as empresas, já favorecidas  pelas isenções tributárias, em detrimento dos agricultores familiares. Se antes  a assistência técnica e demais auxílios à produção familiar eram tidos como uma  contrapartida social aos incentivos fiscais, a sua inclusão no cálculo dos  gastos com a agricultura familiar diminui a rentabilidade do biodiesel para os produtores  dos insumos ou agricultor familiar (REPORTER BRASIL, 2009). Assim, por exemplo,  nas regras antigas, para que os requisitos do SCS fossem cumpridos,
  “(...) se a empresa gastava 100 mil com matéria-prima  no Nordeste, 50 mil iam para a agricultura familiar. Hoje, ela gasta 5 mil com  assistência técnica, 3 mil com insumos, 3 mil com correção de solo, 2 mil com  sementes, e apenas 17 mil são destinados aos produtores (REPORTER BRASIL, 2009,  p. 44).
   Entretanto, na visão do governo, essa alteração na divisão  dos gastos, podendo incluir recursos destinados a outros serviços previstos  pelo SCS, trará mais investimentos para a assistência técnica aos agricultores  e mais qualidade nesses serviços (MDA, 2009c). 
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