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LA COLABORACIÓN EN PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN- DESARROLLO EN BIOINFORMÁTICA. DE LA DISPERSIÓN A LA INTEGRACIÓN

Delly Lien González Hernández y otros


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2.5. La colaboración de la UCI en los proyectos de I+D en Bioinformática

La colaboración, como se ha reiterado, es primordial en la ejecución de emprendimientos en la Bioinformática. De ella depende la integración que se alcance en la red de actores tejida alrededor de los proyectos de investigación-desarrollo.

La UCI es, de los tres, el centro que en esta colaboración representa la parte mayoritaria en capital humano y recursos tecnológicos disponibles para el trabajo en los proyectos, como se aprecia en los Anexos 4 y 5. En general, por la universidad intervienen 236 participantes, de ellos, 11 profesores y 225 estudiantes. Y existen decenas de puestos de trabajo en cuatro laboratorios de la Facultad 6 para el desarrollo de estos siete proyectos.

Los proyectos de I+D en la UCI han sido promovidos por su Política Científica por más de tres cursos. En el sitio Web de la Dirección de Investigaciones (http://investigaciones.uci.cu/news.php), accesible en la Intranet universitaria (http://intranet.uci.cu/cgi_bin/principal.pl), están debidamente publicados los aspectos que se relacionan con la elaboración y presentación de proyectos ante el Consejo Científico de la universidad (Anexo 6) y los proyectos de este tipo aprobados por este órgano (Anexo 7).

Los autores consideran, sobre este particular, que si bien se ha promovido el desarrollo de estos proyectos y de la investigación en general en la UCI, se estimula y se reconoce poco el trabajo en este sentido. Nótese, en los resultados que se expondrán más adelante, que esta información salta a la luz. La cifra de diez proyectos aprobados, en más de tres cursos de implantada la política científica en la universidad, cuando se están realizando más de 150 proyectos de producción (ver epígrafe 2.1.3), es pobre. De los siete de Bioinformática que se analizarán, sólo dos están oficialmente aprobados por el órgano científico.

En lo adelante se caracterizará la colaboración de la UCI con los centros ya presentados, CIGB y CIM, a partir de los proyectos de I+D en los que se labora.

2.5.1. Con el CIGB

Hasta mayo de este año, según Moreno (2007a), líder científico del Grupo de Investigación en Bioinformática de la universidad, la UCI está ejecutando cuatro proyectos de I+D con el CIGB, cuyos datos se muestran en el Anexo 4. Los títulos son:

• LIMS Control de Calidad

• Servidor para alineamiento de proteínas en 3D

• Silenciamiento de Genes

• Tratamiento de Imágenes de Microarray

Este Grupo, como se explicó antes, pertenece a la Facultad 6 cuyo segundo perfil es la Bioinformática.

En estos proyectos, están participando por la UCI cinco profesores, uno con categoría de Profesor Instructor; cuatro son adiestrados, y 96 estudiantes, 19 de quinto año, cuyos trabajos de diploma están relacionados con las tareas que realizan en ellos. Los restantes 77 cursan el cuarto año. Los cinco investigadores del CIGB tienen el grado científico de Doctor en Ciencias.

Nótese en estos datos, que la mano de obra fundamental la constituyen los estudiantes quienes, desde el cuarto semestre de la carrera, dedican 20 horas semanales a trabajar en estos proyectos, de manera que, a la vez que se forman, investigan y producen. El puesto de trabajo de cada uno se encuentra ubicado en los laboratorios 402 y 404 de la Facultad 6. En todos los casos un estudiante cumple el rol de líder.

Salta en el análisis que los profesores participantes son muy jóvenes, sin categoría docente principal, sin grado científico. Todos son ingenieros informáticos. De aquí concluyen los autores, cuan necesaria es la superación constante, sobre todo con las variantes de formación postgraduada del Diplomado y la Maestría en Bioinformática, y hacer esfuerzos por lograr la formación de doctores en varias áreas del conocimiento.

Como parte de la formación en su segundo perfil, estos estudiantes reciben en su programa curricular cinco asignaturas obligatorias:

• Introducción a la Bioinformática

• Química orgánica

• Biología celular y molecular

• Genómica y Proteómica

• Modelos matemáticos en biología

Además de estas disciplinas comunes para toda la Facultad 6, los estudiantes de estos proyectos en cuestión, han recibido cursos optativos y capacitación en temas propios de las tareas que están realizando en ellos, fundamentalmente sobre herramientas computacionales (Moreno, 2007a).

Tres de los proyectos se encuentran en la etapa de implementación de los sistemas y uno en la de diseño. Llama la atención que todavía no se tienen resultados finales ni parciales que exponer y por tanto ninguno que haya sido introducido en el CIGB. En general, estos proyectos son complejos y han sido a muy largo plazo, lo cual provoca desmotivación y desinterés en los participantes porque el resultado práctico y su impacto se hacen muy lejanos.

Para obtener la información necesaria sobre el desarrollo de estos proyectos y la colaboración con el CIGB se realizó la observación en las áreas de labor de estudiantes y profesores, incluidos laboratorios, sesiones de predefensas y defensas de trabajos de diploma y aulas.

Se empleó, además, la entrevista a informantes claves a una muestra de siete personas, incluidos directivos de la Facultad, que arrojó información valiosa sobre el estado actual de los proyectos, la formación de los estudiantes que laboran en ellos, recursos disponibles, entre otros aspectos.

Se aplicó una encuesta (Anexo 8) a una muestra de 25 participantes de los proyectos entre estudiantes y profesores, para conocer los puntos de vista sobre el desempeño en esta labor, los recursos disponibles, los lenguajes de programación empleados, las dificultades para ejecutarlos y su opinión sobre la colaboración que se ha establecido con el CIGB.

Como resultado de la encuesta se evidenció que consideran en un 100% que la integración de la UCI con el Polo Científico del oeste de la capital favorece el desarrollo de sus proyectos de I+D en la disciplina de la Bioinformática. De aquí se concluye, además, que es acertado continuar colaborando con estos y otros centros del Polo.

Esta muestra escogida manifestó que hay factores que inciden de manera negativa en el avance de los proyectos como puede apreciarse en la Figura 2.2. De aquí resulta que la velocidad de procesamiento en las plataformas de hardware existentes y la escasez de bibliografía especializada (en menor medida) son los dos factores de mayor impacto.

Los autores advierten en este caso, que si bien en este momento la capacidad de almacenamiento, la proporción de estudiantes por computadora y otros factores, no inciden negativamente en los proyectos (y como se verá más adelante, se consideran fortalezas de la UCI), existe opinión dividida al respecto y por tanto las autoridades administrativas y científicas que los dirigen, deberán monitorear su comportamiento en el futuro para evitar que puedan convertirse en debilidades.

Figura 2.2. Factores que inciden de manera negativa en el avance de los proyectos de I+D entre la UCI y el CIGB.

Profundizando acerca de las plataformas de desarrollo y los lenguajes de programación que se han empleado tradicionalmente y los que deberían utilizarse, la encuesta evidenció que sigue siendo JAVA el lenguaje de preferencia ya sea solo o combinado con alguno de los lenguajes emergentes como Python, Perl, PHP, entre otros. Nótese que es aceptada la preferencia mayoritaria sobre plataformas y lenguajes libres, tal y como apunta la tendencia mundial en Bioinformática (sólo el 8 % los rechaza).

Esto denota, a su vez, la acertada y oportuna introducción del software libre en la facultad y en estos proyectos como garantía de que los resultados estarán en armonía con lo que prevalece internacionalmente en el desarrollo de software bioinformático (Kane et al., 2006; Weston, 2004; Moreno, 2007b; Leyva, 2007)

La participación de estudiantes como el recurso humano fundamental en el desarrollo de los proyectos conjuntos UCI-CIGB constituye una fortaleza como se deduce de los resultados de este instrumento con un 84% que lo considera muy favorable. De aquí, los autores interpretan que es reconocida como positiva la formación de una “informática participativa” desde los primeros semestres de la carrera, a través de proyectos reales, con rigor científico, calidad, responsabilidad ante el cumplimiento de tareas, horarios y cronogramas, repercusión social y económica de sus resultados, trabajo en equipo, especialización en una nueva disciplina que demanda capital humano calificado.

Dígase que, a la vez que se aprende se hace, y en la medida que se va haciendo, hay más que aprender. En una disciplina emergente como la que se trata, esta formación enfocada al perfil de la Bioinformática y con una participación activa en sus desarrollos, contribuye a la preparación de la masa crítica de investigadores que tanta falta hace para enfrentarla, desde el pregrado.

No obstante, los autores consideran que la participación no sólo debe ser activa sino que puede y debe ser protagónica, si el Grupo de Investigación se torna más “acometedor” en definir objetivos de trabajo y proyectos que no sólo brinden servicios, o resuelvan problemas muy específicos, sino que principalmente, prioricen el desarrollo con visión nacional e integradora o impliquen fuerte investigación, innovaciones o nuevos aportes por parte de la UCI.

Para formar recursos humanos en Bioinformática se ha experimentado con profesionales de ciencias fundamentales incluso desde los niveles de pregrado (el Grupo de Bioinformática de la UCI, tiene dos bioquímicos que hicieron sus dos últimos años de la carrera con especialización en Bioinformática en el CIGB). Como resultado de esta encuesta y por la experiencia práctica que se tiene de varios años intentando consolidar una formación de este tipo, se evidencia que los biólogos (88%), informáticos (76%), químicos (72%) y en menor medida matemáticos, cibernéticos y físicos, son los que mejor preparados están para asimilar esta formación.

De aquí se deduce que el capital humano disponible en la UCI, entiéndase Facultad 6 y estos proyectos en cuestión, formado como ingenieros informáticos en su mayoría, así como el que está en formación, y según lo expresado hasta este punto, puede y debe aportar efectivamente en tópicos básicos que son transversales a las aplicaciones bioinformáticas actuales. Éstos han recibido un notable impulso en el presente curso como temas de tesis de la Maestría en Bioinformática, por profesores de la UCI (Moreno, 2007b; Leyva, 2007; Pérez, 2007). Los temas son:

• Algoritmos para la simulación y modelación de problemas biológicos

• La seguridad de aplicaciones bioinformáticas

• La calidad en software bioinformático

• Sistemas distribuidos y tecnologías Grid para aplicaciones bioinformáticas

Tras cinco cursos académicos e igual tiempo de trabajo del Grupo, los autores manifiestan que la génesis de los proyectos, para lograr lo dicho en los párrafos precedentes, no puede seguir siendo sólo por libre demanda de las partes externas, iniciativa de algunos profesores-investigadores o propuestas pensadas por clientes, como se muestra en el Anexo 6.

En este asunto, ya puede haber intencionalidad por parte de la UCI para priorizar proyectos de alcance nacional, con temas de interés y necesidad para el país, e incluso para la región (véase por ejemplo, software con modelos gráficos que pueden enfocarse desde diferentes niveles de abstracción que van desde moléculas, células y tejidos hasta organismos, poblaciones y ecosistemas (Moreno, 2007b)).

A partir de la información proporcionada por los entrevistados y encuestados, que hasta este punto se ha analizado, y la que se derivó de las preguntas abiertas 6 y 7 en el cuestionario (Anexo 8), se aplicó el análisis DAFO o FODA (proviene del acrónimo en inglés SWOT, en español las siglas son FODA: Fortalezas, Oportunidades, Debilidades y Amenazas) (Thompson et al. 1998, citado por Ponce, 2006).

Como resultado de este análisis FODA se propone el diagnóstico que aparece en la matriz de la Tabla 2.1., enfocado desde la UCI.

FORTALEZAS DEBILIDADES

• La capacidad de almacenamiento

• La participación de estudiantes como principal fuerza de trabajo y su proporción por computadora en los laboratorios

• El segundo perfil de la carrera permite preparar la cantera de bioinformáticos con que se contará en un futuro cercano pues la formación del ingeniero en ciencias informáticas (desde pregrado) facilita la reconversión

• Trabajo con plataformas de software libre

• Se refuerzan los conocimientos en ingeniería de software al enfrentar casos complejos

• Vinculación de trabajos de diploma a los proyectos de I+D • Poca experiencia de los estudiantes y profesores en análisis y diseño de software complejos

• No se escriben contratos que fijen tareas, cronograma con plazos y fechas de entrega y cumplimiento y de informes parciales y finales

• No se le concede la prioridad suficiente a los proyectos de I+D en comparación con otros productivos

• Existen problemas con la tecnología disponible en la Facultad 6 que necesitan mejoras (velocidad de procesamiento)

• Problemas de comunicación entre las partes que provocan falta de coordinación, retrasos, que las visitas y el intercambio no sea continuo y no se logran acoplar fechas de las tareas a ejecutar con disponibilidad de transporte

• Equipos de trabajo impuestos

• No siempre se definen objetivos concretos de trabajo

OPORTUNIDADES AMENAZAS

• Los proyectos son reales

• Aportar a la sociedad a través de proyectos de impacto en la salud humana

• Primera edición de la Maestría en Bioinformática en Cuba

• La complejidad de los proyectos permite a la UCI adquirir experiencia en enfrentar problemas de este tipo

• Intercambio con investigadores del CIGB y en general del Polo Científico

• Voluntad política para el desarrollo de la biotecnología y la informática

• Creciente demanda y aplicación de la Bioinformática • Proyectos complejos y extensos que necesitan mucho tiempo del cliente, generalmente muy ocupado, y conducen a la pérdida de interés de profesores y estudiantes

• Los proyectos no siempre adquieren la seriedad e importancia requeridas por ambas partes

• No se incluyen las tareas de estos proyectos en los planes de trabajo de los investigadores del CIGB

• Resistencia al cambio por parte de investigadores del centro

• El segundo perfil en el que se preparan y gradúan estos estudiantes, no garantiza necesariamente, una futura ubicación en la rama de la Bioinformática

Tabla 2.1. Diagnóstico de Fortalezas, Debilidades, Oportunidades y Amenazas, resultante de aplicar el análisis de la Matriz FODA a la colaboración en proyectos de I+D, de la UCI con el CIGB.


 

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