El apéndice C del Anexo II del protocolo establece precauciones para prevenir la introducción de Microorganismos.

Prohíbe introducir aves de corral u otras aves vivas en la zona del Tratado antártico y tierra no estéril, como la inspección para detectar en aves preparadas para el consumo enfermedades de Newcastel, turbeculosis, infección o levaduras. Además acentúa la cautela, cuando dispone que las aves o partes de aves no consumidas deben ser retiradas de la zona o destruidas por incineración.

El complejo equilibrio que se mantiene dentro de cualquier ecosistema depende muy fuertemente de la actividad microbiana, por eso es fundamental tener presente que una modificación importante en la flora microbiana, puede llevar a una seria alteración en el funcionamiento del ecosistema afectado, quizás tanto o más grave que la producida por la desaparición de especies animales o vegetales.

El ecosistema antártico, sometido a condiciones climáticas muy severas está, más que ningún otro sitio, dominado por los microorganismos. En la zona continental, sólo existen dos especies de plantas superiores (Colobanthus crassifoliu y Deschampsia antartica) que se encuentran restringidas a la península antártica, de manera tal que la producción primaria es mantenida fundamentalmente por algas unicelulares y cianobacterias. En el ambiente marino, estos microorganismos siguen siendo los principales responsables del mantenimiento de la cadena trófica. Si le sumamos a esto, la casi completa ausencia de animales macroscópicos de vida terrestre, podemos ver claramente por que el ecosistema antártico en particular depende más que ningún otro de la actividad microbiana284.

Deben tomarse todas las precauciones necesarias para reducir al mínimo los problemas derivados de la introducción de microorganismos porque se ignora casi todo acerca de la función que cada tipo de microorganismo autóctono cumple en el ecosistema o el efecto que un microorganismo extraño puede producir sobre el resto de la biota.

Existen varias vías no naturales por las cuales un microorganismo puede ser introducido en la Antártida, la más directa es el transporte de especies microbianas (bacterias, algas u hongos) por el personal que se traslada a este continente.

Estos microorganismos llegan formando parte de la flora normal o patológica del individuo transportado o bien asociados a sus vestimenta (en especial al calzado), víveres o material de trabajo. La introducción de cualquier especie animal o vegetal no autóctona, expone al ecosistema antártico, a la presencia de una flora extraña a dichas especies, cuyos efectos sobre la fauna y la flora locales es poco predecible.

La Argentina desde el punto de vista médico minimiza la presencia de microorganismos patógenos, mediante la realización de control clínico del personal destinado a sus bases y campamentos285. Esta práctica implica aplicar el principio de precaución.

Deben también aplicarse como precaución experiencias de aislamientos, por ejemplo cuarentenas, típicas de los programas espaciales286.