En términos generales, la dinámica de la Población Económicamente Activa (PEA), se observa en Cusco, con una fuerte concentración en el sector Extractivo (actividad agropecuaria principalmente), en un nivel del 58.7% de la PEA total, seguido por el sector servicios con un 34.2%, el sector transformación con 7.1%.
Por otra parte, la economía de la Región Cusco muestra una estructura precaria y débilmente articulada entre sectores:
a) Sector primario, representado por la agricultura y la ganadería; atrasadas, con rendimientos muy por debajo de los promedios nacionales, caracterizada por el uso de tecnología tradicional, falta de suficiente y adecuada infraestructura de riego, deficiente manejo de suelos y pastos, escasa asistencia técnica y capacitación, así como limitado acceso al sistema financiero. La principal actividad económica es la agropecuaria, y al interior de éstas, fundamentalmente la agrícola
b) Sector secundario, constituido por la industria manufacturera y la construcción, es un sector de escaso aporte al Producto Bruto Interno (PBI), como de poca absorción de la PEA. La manufactura está muy débilmente conectada al sector primario, debido en parte a los bajos niveles de producción primaria. Las unidades económicas son pequeñas o microempresas familiares, con tecnología artesanal y bajo nivel de capitalización, con escala de producción pequeña, y con visiones y prácticas lejanas a los actuales requerimientos del mercado. La composición porcentual del PBI, se observa en el cuadro siguiente, cuyo universo para el año 1996 es de S/. 120,249 millones de Nuevos Soles a soles constantes de 1979.
c) Sector terciario, constituido principalmente por el comercio y servicios los cuales aportan cada vez más porcentaje al producto y la PEA. La mayor parte de la prestación de servicios se realiza a nivel microempresa, sin apoyo técnico ni crediticio, convirtiéndose en "actividades informales de subsistencia" y no en "actividades competitivas que generan utilidades capitalizables".
Los Sectores que tienen mayores potencialidades en la Región Cusco, son la agricultura, el turismo y el minero energético. Según el Plan Estratégico de Desarrollo Regional Concertado, Cusco al 2012 , las unidades geoeconómicas del Cusco, son:
o La provincia del Cusco con actividades preponderantes de agricultura, industria, comercio y servicios.
o La provincia de la Convención, zona amazónica con retos para el manejo de biodiversidad, recursos energéticos y de cultivos de exportación.
o Las provincias altas (Canas, Chumbivilcas y Espinar) zona altoandina con pre-ponderancia de la ganadería de ovinos, vacunos y camélidos sudamericanos, con una pequeña agricultura centrada en tubérculos (papa amarga).
o La provincia de Calca, Anta y Urubamba, valles interandinos están más integradas y producen frutas, legumbres, hortalizas, etc.
o Las provincias de Canchis, Acomayo y Paruro, también ubicadas en la zona de valle interandino con explotación de hortalizas, ganado ovino y vacuno.
o Las provincias de Paucartambo y Quispicanchis, con mayor grado de dispersión que las anteriores y es un ejemplo de modelo andino del “archipiélago productivo”.
El Cusco se caracteriza también, por contar con alto número de comunidades campesinas que al año 2000 fueron un total de 887 y que abarcan el 44.92% de una superficie total de 50,086.14 Km2.